本病的确切病因和发病机理尚了解不明。以往曾认为与细菌感染或过敏有关。因为有1/3以上的患者发病前有不洁饮食史或有上呼吸道感染史;本病有季节流行或集体发病的倾向;患者有白细胞计数增高及全身中毒症状;患者的粪便中曾培养出大肠杆菌或产气荚膜杆菌等。但也有文献认为早期病变的病理检查，可见肠壁小动脉纤维有蛋白性坏死和大量嗜酸性白细胞浸润，而多数病例又未能找到单一的致病菌，本病应是变态反应的结果。临床上所见的小肠感染病灶可能是末梢血液循环障碍所致局灶性坏死的继发表现。

近年来国外文献报告，本病的发病与C型Welch杆菌的P毒素有关，进食低蛋白饮食可使肠道内的胰蛋白酶处于低水平。肠道蛔虫也可分泌一种胰蛋白酶抑制物，使蛔虫病患者的胰蛋白酶的效果受到抑制。在有胰蛋白酶减少的情况下，肠道内C型Welch杆菌产生的B毒素不能被破坏，从而导致急性出血性肠炎的发生。这一发病机理是否正确，还有待证实。

本病主要发生在空肠或回肠，也可是空肠、回肠都受累。结肠与胃较少有发生。病变多呈跳跃性发生，病变与病变之间有明显分界的正常肠管，但严重时病变也可融合成片。病变程度一般以空肠下段较为严重，上段较轻。肠壁各层可呈水肿、充血、坏死和溃疡，甚至穿孔，并附有黄色纤维素性渗出或脓苔，病变多发生在肠系膜侧。受累肠段的系膜也有充血和水肿，有多个淋巴结肿大，腹腔内有混浊渗液。受累的肠管黏膜有炎细胞和嗜酸性粒细胞浸润，水肿明显，有散在的大片出血和溃疡灶，病变范围与正常黏膜分界清楚。肌层除肿胀和出血病变外，还可见肌纤维断裂，玻璃样变和坏死。血管壁呈纤维素样坏死，并常有血栓形成。肠壁肌层神经丛细胞有营养不良性改变。黏膜及黏膜下层病变范围往往超过浆膜病变范围，可能是病变始于黏膜层而逐渐向浆肌层方向发展。除肠道病变外，尚可见肝脂肪变性，脾急性炎症，肺水肿和间质性肺炎。

从肉眼观察，本病的肠管改变易与急性活动期的Crohn病相混淆，在病理改变上两者有所不同：①急性出血性肠炎的病变组织主要表现为凝固坏死而无增殖性改变。②黏膜下层有充血、水肿、出血、大量炎性细胞浸润，而病急性期主要为水肿和淋巴管扩张。③肠壁小动脉及胶原纤维有纤维素样变性坏死而无非特异性肉芽肿形成和纤维化改变。