因为要将内镜通过口咽部或肛门插入人体消化管才能完成检査，所以会有一定的痛苦。如胃镜检查患者会感到咽部抵压感、恶心呕吐、胃胀、恐惧等。但一般来说，这些痛苦多能耐受，可以完成检查。